FileMaker Server 13.0v5（13.0.5.520）でやっとYosemiteが公式対応になりましたが、うまく起動しないという現象がありました。
現象としては、インストールしたときは問題なく起動できるのですが、Macを再起動するとデータベースがライセンスエラーで閉じた状態となってしまいました。
※エラーメッセージ：すでにライセンスが利用されています。”FileMaker Server (###.###.###.###) is already running with this license key”
FileMakerのサポートに問い合わせたところ、不具合として認識はしているようですが、開発は米国ですのでバージョンアップによる対応がいつになるかわかりません。
解決方法としては以下になります。
自分で発見した方法では、
対策１
原因はライセンスエラーなので、同じライセンスをもう一度読み込ませる。
→一時的にデータベースが開いた状態になりますが、再起動でまたエラーになってしまうので毎回入力するのが面倒でした。。。
対策２
やっぱり面倒なので、なんとか対応策をフォーラムで見つけました。
サーバー名をMacと同じに設定する。
インストール時にサーバー名が「サーバー名.local」となっていて、そのままインストールしていたと思います。ですが、これの「.local」の部分を削除して設定をします。（※インストール後でも「一般設定」の項目で設定変更が可能です。）
→これで何度再起動してもしっかり起動するようになりました！
やっぱりMacの強制OSバージョンアップは凶悪ですね。。。
ベータ公開も今回は長かったので、FileMaker社もしっかり準備してほしいものです。
追記 (2015/5/18)
公式サイト：FileMaker Server 13.0v5： 同じマシンとのライセンスキーの競合メッセージ
に対策方法が掲載されていました。
また、FileMaker14がリリースされ、こちらでは問題なくライセンスエラーの問題が解消されていました。
